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L’optique est différente de celle du scientifique intéressé par une protéine particulière et qui en cherche le gène : il s’agit ici, au contraire, d’en examiner le plus possible. L’écueil qui menace, dès lors, le séquenceur d’ADNc est celui de retomber fréquemment sur les mêmes clones, ceux qui proviennent des messagers abondants et donc très représentés dans la banque. Son inventaire va, du coup, se limiter aux gènes les plus exprimés dans le tissu duquel il est parti – gènes qui sont souvent déjà connus : du fait même de leur forte expression, ils sont plus facilement repérables et clonables que ceux dont le messager est rare.

Bien entendu, les espèces moléculaires abondantes, représentées à de très nombreux exemplaires dans le mélange de départ, se réassocient rapidement puisque la probabilité de rencontre des deux brins est élevée en raison de leur forte concentration. Les espèces rares, elles, se réassocient beaucoup plus lentement. De sorte que, après un certain temps de réassociation, les espèces abondantes sont majoritairement converties en ADN bicaténaire, au contraire des espèces rares. Un passage sur colonne d’hydroxyapatite (qui sépare ADN simple brin et double brin) donne alors un mélange de fragments d’ADN monocaténaires enrichi en séquences rares – ou, plus précisément, dans lequel l’abondance des séquences fréquentes a été diminuée.

Cet inconvénient a été repéré assez vite, mais sa fréquence est longtemps restée sous-estimée. On annonçait 10, 15, peut-être 20 % de chimérisme. En réalité, les mesures les plus récentes, rapportées dans un article à paraître de Buddy Brownstein, indiquent un chimérisme moyen de 50 % – un clone sur deux contient deux segments d’origines différentes. Cela est vrai pour plusieurs banques, et même pour celle de Rakesh Anand (dite banque ICI) dont l’on a cru longtemps qu’elle était épargnée par ce fléau.